[/Né après l'abandon de son père, Michael Scofield a pris le nom de jeune fille de sa mère. Plusieurs flashbacks lors des différents épisodes nous donnent des informations capitales sur les liens qui existent entre Michael et son frère Lincoln et les raisons pour lesquelles Michael est déterminé à tout mettre en oeuvre pour que Lincoln échappe à son exécution. Il n'hésitera pas à enfreindre les lois pour cela...
Quand Michael avait sept ans et Lincoln quinze ans, leur mère est morte d'un cancer. Pendant plusieurs mois, Michael a été balotté par les services sociaux dans des familles d'Accueil, Lincoln alors en centre pour jeunes délinquants ne pouvant s'en occuper. Lors de sa sortie, Lincoln est devenu son tuteur et a pris soin de lui. C'est l'une des raisons pour lesquelles Michael est autant déterminé à faire sortir son frère de prison. Après la perte de ses deux parents, Lincoln a basculé dans la délinquance, mais en veillant à ce que Michael ne suive pas le même chemin.
Michael étant un élève particulièrement doué, il obtient d'excellents résultats scolaires au lycée Morton East High School. Puis, il décroche une licence en Sciences avec mention bien et une maîtrise en Génie civil à l'université de Loyola à Chicago. Il devient avec succès ingénieur en génie civil.
Trois ans avant que Lincoln soit emprisonné à Fox River, les relations entre Michael et Lincoln sont de plus en plus tendues du fait de leurs vies complètement opposées. Michael ne voit en Lincoln qu'un irresponsable et il commence à être fatigué "d'être le grand frère de mon grand frère". Après l'arrestation de Lincoln pour le meurtre de Terrence Steadman, Michael ne croit pas immédiatement en l'innocence de Lincoln. Néanmoins, après avoir découvert que son frère avait emprunté 90 000 dollars pour lui permettre d'effectuer ses études, Michael réalise que Lincoln n'est pas du tout l'homme qu'il croyait connaître. En se remémorant la façon dont Lincoln avait veillé sur lui lorsqu'il était enfant, Michael décide de lui rendre la pareille. Devant l'impossibilité d'aider son frère en passant par les instances légales et le rejet définitif des appels de Lincoln, Michael prend les choses en main...
Coincidence, la société de Michael avait été responsable de la rénovation de la prison de Fox River or c'est le même établissement pénitentiaire qui abrite Lincoln jusqu'à son exécution. Michael récupère les plans du bâtiment et durant une année entière, met méticuleusement au point un plan pour sauver son frère. Avant d'être emprisonné, Michael a analysé chaque détail ainsi que chaque personne de la prison. Une fois à l'intérieur, il doit pouvoir créer des relations avec d'autres détenus dont il a besoin pour son plan ainsi qu'avec certains membres du personnel de la prison qu'il a besoin de manipuler. Durant les quatre mois qui précèdent son incarcération, Michael va progressivement se faire tatouer une grande fresque d'inspiration gothique recouvrant son torse, ses bras et son dos et représentant la bataille des anges et des démons. Ces tatouages représentent en réalité les plans de la prison ainsi que diverses autres informations essentielles à la réalisation de son plan.
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